في يونيو 1855م اختار آل نهيان الشيخ زايد بن خليفة وكان لا يزال شابا بالعشرين من عمره لحكم الإمارة ، إذ اجتمعت له وهو في هذه السن المبكرة ، الشجاعة و الرأي وحسن التصرف ، وقد حالفه توفيقا كبير من الاستقرار والهدوء والتلاحم بين القبائل .

صاهر الشيخ زايد بن خليفة كثيرا من القبائل ، وألف بين قلوب القبائل في الإمارة ، فاجتمعت كلها حوله ، تسانده وتؤأزره ، أنجب مجموعة من الأبناء الذين أدوا أدوارا كبيرة في حياة والدهم ، وهم : خليفة ، طحنون ، سعيد ، حمدان ، هزاع ، سلطان ، صقر و محمد .

استقطب زايد الكبير حوله مجموعة من أبناء البلاد الذين اشتهروا بالرأي والإخلاص أمثال : (أحمد بن هلال الظاهري ، محمد بن شيبان الياسي ، محمد بن سالمين المنصوري ، سلطان بن محمد بن سرور الظاهري ، محمد بن حم العامري ) وغيرهم .

توطدت في عهد الشيخ ( زايد الكبير ) العلاقات بين أبوظبي ومسقط وعمان ، وتبودلت الزيارات بين الحكام ، ويحكي السيد برسي كوكس المقيم السياسي في مسقط بذلك الوقت أنه قام برحلة عام 1901م برفقة السلطان فيصل بن تركي حاكم مسقط وعمان ، متوجهين إلى أبوظبي في زيارة رسمية ثم يروي المقيم السياسي كيف تابع رحلته بعد ذلك منفردا بأبوظبي إلى واحة البريمي ثم إلى مدينة مسقط عن طريق وادي (سمايل) ويذكر أنه طوال هذه الرحلة من مدينة أبوظبي حتى مدينة (عبري) كان في حماية ورعاية الشيخ خليفة بن زايد الكبير .

ويذكر السيد برسي كوكس في أكثر من موضع بمذكراته الصلاحيات الواسعة للشيخ (زايد الكبير) بقوله : (لقد ظل زايد بن خليفة حتى اليوم الأخير من حياته 1909م يحتفظ بصلاحيات مطلقة لم تتعرض للتحدي في السنوات الثلاثين الأخيرة من حكمه ولم يسبق لأي من حكام آل بوفلاح أو غيرهم من شيوخ الساحل أن مارس نفس السلطان الذي وصل إليه زايد في شرق الجزيرة العربية) .. ولا يرجع السبب في هذا إلى شخصية الشيخ زايد وكفاءته وحدهما ، ولا إلى الظروف المواكبة لفترة حكمه ، وإنما يرجع إلى أن أبوظبي كانت دائما القوة الإقليمية القيادية بين مشيخات الساحل .

ونتيجة إلى الاستقرار الذي شهدته إمارة أبوظبي في عهد الشيخ زايد الكبير انتعشت الحياة الاقتصادية ، خاصة تجارة اللؤلؤ الذي كانت له سوق رائجة في عواصم أوروبا والهند ، فتم توجيه اهتمام خاص إلى جزيرة دلما ، إحدى جزر الإمارة حيث كان يلجأ إليها صيادو اللؤلؤ عندما تشتد الرياح ، لوقوعها قرب مغاصات اللؤلؤ ، وأصبح لأبوظبي من المراكب والصيادين على سواحل اللؤلؤ والخليج أكثر مما تملكه أية إمارة أخرى .

وتمشيا مع تقاليد آل نهيان في رعاية شؤون الزراعة والري في العين ، أعاد الشيخ زايد بن خليفة حفر فلج (الجاهلي) المندثر وقد استمر العمل في إصلاحه ستة عشر شهرا .. كذلك أنشأ ابنه الأكبر خليفة بن زايد مزرعة قرب هيلي ، وهي المزرعة التي عرفت باسم مزرعة (المسعودي) وحفر فلجا لها هو فلج (المسعودي) وبنى الشيخ زايد الكبير (قلعة الجاهلي) 1898 م وتعتبر تحفة أثرية مازالت قائمة حتى اليوم .

توفي زايد الكبير 1909م وترك شؤون إمارة أبوظبي وهي مثال للأمن والأمان والنظام ، أمانة في أيدي أبنائه وأحفاده من بعده .